Căn cứ Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2023 của Bộ Tài chính, quy định: Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế giá trị gia tăng và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh. Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu.
Căn cứ Điều 60 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14, Điều 131 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018, Điều 10 Thông tư số 06/2021/TT-BTC ngày 22/1/2021 của Bộ Tài chính, quy định về việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
Căn cứ quy định nêu trên, cơ quan Thuế chịu trách nhiệm hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh, cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm hoàn thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu.
Căn cứ Điều 26 chương IV Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc kiểm tra hồ sơ